摇杆–R的Docker容器

亲爱的大家,

今天我’d想指向Rocker项目,该项目为特定任务提供了一套Docker映像。尽管Rocker计划自2014年以来就已经存在,而且我偶尔也会阅读它,但我没有多少用例可以尝试。

但是,我最近偶然发现了一个问题,其中Rocker被证明是一个非常方便的解决方案。我试图得到一些R–在我的Manjaro Linux系统上运行的GIS桥(QGIS,SAGA,GRASS)和V8。不幸的是,我很快意识到所有这些都会使我的系统混乱,原因有几个。我将需要安装大量依赖项,其中一些依赖项在所需磁盘空间方面相当大。另外,我需要降级SAGA和QGIS才能使其在R中运行。

这是Docker容器真正派上用场的时候,因为事情基本上可以立即使用,而不会弄乱您的系统,也不需要处理依赖项。我只是用了 用R进行地理运算 码头工人 image并在我的浏览器中运行RStudio。

这里’关于如何使Rocker Image运行的简短描述。首先在系统上安装docker(Manjaro基于Arch Linux,因此使用pacman软件包管理器):

# update system
sudo pacman -Syu

# install  码头工人 
sudo pacman -S  码头工人 

# run and enable  码头工人  at startup
sudo systemctl start  码头工人 
sudo systemctl enable  码头工人 

# configure  码头工人  user
sudo usermod -aG  码头工人  $USER

请注意,最后一行使没有sudo特权的用户可以运行docker。

安装Docker之后,您可以提取Docker映像并运行它们:

# pull image
docker pull robinlovelace/geocompr

# run image
泊坞窗运行 -e PASSWORD=pass --rm -p 8787:8787 robinlovelace/geocompr

现在,您可以在浏览器中打开RStudio服务器,方法是: http:// localhost:8787 /。采用 rstudio as username and pass as password.

登录后,您将进入在Docker容器中运行的RStudio服务器会话中,该会话可访问所有预安装的软件包。

为了简单起见,我向我添加了一个docker run别名 .zshrc:

alias geoR="泊坞窗运行 -d -e PASSWORD=pass -p 8787:8787  -v /home/ms/Git:/home/rstudio/Git robinlovelace/geocompr"

The -v flag mounts the Git folder (containing my GitLab projects) from my local home directory to be accessible in the RStudio session running in the 码头工人 container. For a detailed description of used flags, see the documentation of 泊坞窗运行.

您可能想看看 摇杆 上的个人资料 码头工人 hub 并检查其中的图像。

马蒂亚斯

关于作者

马蒂亚斯在维也纳自然资源与生命科学大学学习了环境信息管理,并获得了环境统计博士学位。他的论文的重点是罕见(极端)事件的统计建模,作为对关键基础设施进行漏洞评估的基础。他目前在奥地利国家气象和地球物理服务局(ZAMG)和BOKU大学山区风险工程研究所工作。他目前专注于(统计)不良天气事件和自然灾害以及减少灾害风险的评估。他的主要兴趣是环境现象的统计建模以及用于数据科学,地理信息和遥感的开源工具。

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